В 1961 году открыт Благовещенский общетехнический вечерний факультет Хабаровского автомобильно-дорожного института. 20 марта 1975 года образован Благовещенский технологический институт. БТИ – первый на Дальнем Востоке институт легкой промышленности. Возглавил вуз кандидат технических наук В.П. Глотов. В 1980 году – первый выпуск, 215 специалистов. Институт стал площадкой для научных конференций и разработок, которые находили свое применение не только в промышленности, но и других сферах.

В 1985 году окончено строительство нового учебно-лабораторного корпуса, общежития, столовой, актового и спортивного залов. В 1988 году пост ректора занял Б.А. Виноградов. Началась реализация программы перепрофилирования БТИ с перспективами развития в многопрофильный университетский комплекс. С 1988 года в вузе был сделан упор на компьютерное обучение, появились новые специальности, заключены договора с центральными вузами страны. В 1992 году обновленный БТИ прошел госаттестацию. 4 декабря БТИ был переименован в Благовещенский политехнический институт.

В 90-е БПИ сделал ставку на привлечение дополнительных источников финансирования: прием студентов на дополнительные места, получение второго высшего, переподготовка кадров, повышение квалификации. С сокращением строительства в целом по городу вуз возводит жилой дом, два учебных корпуса, общежитие. 19 октября 1994 года Благовещенский политехнический институт получил статус Амурского государственного университета. АмГУ стал 54-м университетом в РФ. В 1998 году открывается крупнейший на Дальнем Востоке интернет-центр.

В 1998 году Б.А. Виноградов покинул пост. Его преемником стал кандидат технических наук Андрей Плутенко, 37-летний ученый оказался самым молодым ректором России. В 2004 году заработал современный учебно-спортивный комплекс. В 2006 году открывается социально-культурный центр. Разработки инновационно-технологического центра нашли применение на ведущих предприятиях области. В 2012 году лауреатом премии Правительстве РФ стал коллектив ученых АмГУ, отмеченный за разработку и внедрение системы подготовки кадров для быстроразвивающихся наукоемких производств.

В 2013 году в АмГУ заработал Амурский филиал Института Дальнего Востока РАН. Открыл свои двери физкультурно-оздоровительный комплекс с бассейном «Студенческий». Вуз включен в состав космического научно-образовательного инновационного консорциума. АмГУ получил статус постоянного члена Ассоциации технических университетов России и Китая. 5 июля 2019 года с космодрома «Восточный» запущен малый космический аппарат «АмурСат» («АмГУ-1»). Работу спутника отслеживают в единственном на Дальнем Востоке студенческом Центре управления полетами. Продолжается и развитие инфраструктуры вуза. В январе 2024 года стартует строительство Ледовой арены. В мастер-план по развитию Благовещенска включено строительство многоэтажного корпуса «Флоренский».